Les collections de ce vaste musée sont riches et très variées: pièces d'archéologies gallo-romaine et mérovingienne (armes, bijoux, ...); collections Beaux-Arts du XVIe au XXe siècle (tableaux et sculptures) ; collection F. Mitterrand (tableaux contemporains); publicités des années 1920-1960 avec les affiches de Charles Loupot ; faïences anciennes de Clamecy et Nevers; salle dédiée au souvenir de Romain Rolland ; salle dédiée à l'étonnante épopée du flottage du bois.