A 300 m de la belle cathédrale Saint-Étienne d'Auxerre (XIè-XVIè) et tout près la haute flèche de la Tour Saint-Jean (XIIè), l'abbaye Saint-Germain est constituée d'un ensemble monastique presque complet, édifié peu à peu depuis plus de 11 siècles et bien restauré.
La visite inclut une découverte de l'abbatiale, des lieux monastiques, du musée (préhistoire, histoire gallo-romaine et médiévale d’Auxerre) et surtout des cryptes du IXè siècle, exceptionnelles, avec encore leurs anciennes peintures murales.